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ATLAS |
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Automatically Tuned Algebra Software es una librería para la generación y optimización automática de software numérico. En la versión actual se han incluido los tres niveles de BLAS y algunas rutinas de LAPACK.
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ARPACK |
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Arnoldi Package es una colección de funciones escritas en Fortran 77 diseñada para resolver grandes problemas de valores propios.
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BLAST |
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Basic Local Alignment Search Tool es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local ya sea de ADN o de proteínas. Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos. Por lo general, cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa BLAST para compararla con otras secuencias que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir su función. El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias protéicas.
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Boost C++ |
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Librerías C++ para una amplia gama de aplicaciones entre las que se encuentran álgebra lineal, procesado de imágenes, etc.
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CDO |
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CDO es una colección de operadores para el procesado de la salida de modelos climáticos. Los operadores incluyen funciones estadísticas y aritméticas, herramientas de selección de datos, submuestreo e interpolación espacial.
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Elmer |
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Simulación multifísica mediante el método de elementos finitos (FEM). Problemas de dinámicas de fluidos, mecánica estructural, electromagnetismo, transferencia de calor y acústica.
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FFTW |
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Librería de subrutinas en C para el cálculo de la transformada discreta de Fourier (DTF) en una o más dimensiones.
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FreeFem++ |
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FreeFem++ es un IDE para la resolución numérica de ecuaciones en derivadas parciales (PDE). Incluye un avanzado genererador de mayas.
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GAMESS |
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Este paquete permite el cálculo de propiedades (energías, frecuencias de vibración, geometría óptima, etc.) de moléculas e intermedios de reacción, fundamentalmente mediante métodos ab finitio (teóricos).
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GrADS |
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GrADS es una herramienta que facilita el acceso, la manipulación y la visualización de datos de ciencias de la tierra. Soporta gran cantidad de formatos de datos, incluido binario, HDF y NetCDF.
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GROMACS |
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GROMACS es un software versátil para cálculos de dinámica molecular, es decir, simular las ecuaciones de Newton del movimiento para sistemas de cientos a millones de partículas. Está principalmente diseñada para el estudio de moléculas bioquímicas como proteínas y lípidos con un gran número de complejas interacciones de enlace.
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HDF5 |
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HDF5 es un modelo de datos, una librería y un formato de archivos para guardar y manipular datos. Soporta una gran variedad de formatos y está diseñado para una eficiente I/O en grandes volúmenes de datos.
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Intel Cluster Toolkit Compiler |
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Intel Cluster Toolkit Compiler Edition provee un extenso paquete de software que contiene los compiladores Intel C++ e Intel Fortran para todas las arquitecturas Intel, además de todas las Intel Cluster Tools para desarrollar, analizar y optimizar el rendimiento de las aplicaciones paralelas. Igualmente incluye la librería matemática Intel MKL.
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MrBayes |
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MrBayes es un programa para la estimación Bayesiana de filogenesis basada en una técnica de simulación llamada Markov Chain Monte Carlo (or MCMC). El programa toma como entrada una matriz de caracteres en un fichero en formato NEXUS. La salida son varios ficheros con los parámetros que fueron muestreados por el algoritmo MCMC junto a un resumen de esta información.
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Ncview |
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Ncview es un navegador visual para los archivos de netCDF. Permite ver animaciones a partir de los datos, representar en varias dimensiones, visualizar los valores actuales de los datos...
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NetCDF |
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NetCDF es una librería para el manejo de archivos científicos, muy comunmente usada para almacenar, entre otras cosas, información atmosférica.
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Numpy |
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Se trata de una extensión al lenguaje de programación Python, que añade funcionalidades para el manejo de grandes arrays y matrices multidimensionales así como librerías de funciones matemáticas de alto nivel para operar con estos arrays.
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Octave |
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Octave es un programa libre para realizar cálculos numéricos. Entre varias características que comparten se puede destacar que ambos ofrecen un intérprete permitiendo ejecutar órdenes en modo interactivo.
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OMNeT++ |
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OMNeT++ es un simulador modular de eventos discretos de redes orientado a objetos, usado habitualmente para modelar el tráfico de redes de telecomunicaciones, protocolos, sistemas multiprocesadores y distribuidos, validación de arquitecturas hardware, evaluación del rendimiento de sistemas software y, en general, modelar cualquier sistema que pueda simularse con eventos discretos.
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OpenFOAM |
Herramienta que puede simular el comportamiento complejo de flujo de fluidos en reacciones químicas, turbulencias y transferencia de calor, para sólidos dinámicos, electromagnetismo… OpenFOAM usa el método de volúmenes finitos para resolver sistemas de ecuaciones parciales y trabaja con redes 3d no estructuradas, cuyas celdas son poliedros.
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R |
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R es un lenguaje y entorno de programación para análisis estadístico y gráfico. Es uno de los lenguajes más utilizados en investigación por la comunidad estadística, siendo además muy populares en el campo de la investigación biomédica, la bioinformática y las matemáticas financieras. A esto contribuye la posibilidad de cargar diferentes librerías o paquetes con finalidades específicas de cálculo o gráfico.
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SuiteSparse |
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SuiteSparse consiste en un conjunto de paquetes para el tratamiento de matrices dispersas.
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SWIG |
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SWIG es una herramienta de desarrollo que permite realizar llamadas a programas escritos en C/C++ desde una gran variedad e lenguajes de alto nivel como Perl, Python, Ruby y Tcl.
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ANSYS |
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ANSYS desarrolla, comercializa y presta soporte a la ingeniería a través de software de simulación para predecir como funcionará y reaccionará determinado producto bajo un entorno real. ANSYS continuamente desarrolla tecnología enfocada en la simulación y a través del tiempo ha adquirido otros software para ofrecer un paquete de aplicaciones que pueden ser unificadas para los problemas más complejos.
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EnSight |
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EnSight es un software de visualización y post-procesado científico y de ingeniería que soporta distribución multihilo.
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FOX TOOLKIT |
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Fox es un toolkit C++ para el desarrollo de interfaces gráficas.
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FTGL |
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FTGL is a free cross-platform Open Source C++ library that uses Freetype2 to simplify rendering fonts in OpenGL applications. FTGL supports bitmaps, pixmaps, texture maps, outlines, polygon mesh, and extruded polygon rendering modes.
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GDAL |
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Es una librería de software para la lectura y escritura de formatos de datos geoespaciales.
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GMP |
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GMP es una librería gratuita para aritmética de precisión arbitrária, operaciones con enteros con signo, números racionales y números en coma flotante. No hay límite práctico en la precisión excepto en la cantidad de memoria disponible en la máquina en donde en donde GMP se ejecuta. GMP tiene un rico conjunto de funciones con una interfaz regular.
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GrADS |
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GrADS es una herramienta que facilita el acceso, la manipulación y la visualización de datos de ciencias de la tierra. Soporta gran cantidad de formatos de datos, incluido binario, HDF y NetCDF.
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Grib_API |
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The ECMWF GRIB API is an application program interface accessible from C and FORTRAN programs developed for encoding and decoding WMO FM-92 GRIB edition 1 and edition 2 messages. A useful set of command line tools is also provided to give quick access to grib messages.
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Grib2 |
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GRIB (GRIdded Binary) is a mathematically concise data format commonly used in meteorology to store historical and forecast weather data. It is standardized by the World Meteorological Organizations Commission for Basic Systems, known under number GRIB FM 92-IX, described in WMO Manual on Codes No.306.
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GRASS |
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Geographic Resources Analysis Support System es un software SIG (Sistema de Información Geográfica) bajo licencia GPL (software libre). Puede soportar información tanto raster como vectorial y posee herramientas de procesado digital de imágenes.
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Java |
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Java es un lenguaje de programación orientado a objetos, desarrollado por Sun Microsystems a principios de los años 90. El lenguaje en sí mismo toma mucha de su sintaxis de C y C++, pero tiene un modelo de objetos más simple y elimina herramientas de bajo nivel, que suelen inducir a muchos errores, como la manipulación directa de punteros o memoria.
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Compiladores de Intel |
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Intel Compilers es un conjunto de compiladores para los lenguajes C y C++ desarrollado Intel.
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Intel MKL |
Intel Math Kernel Library es una ibrería matemática que contiene versiones robustas y optimizadas de diversas librerías entre las cuales se encuentran:
* BLAS
* Sparse BLAS
* LAPACK
* ScaLAPACK
* FFT
* Vector Math Library
* Sparse Solver routines
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Intel MPI |
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Intel MPI es una implementación de MPI desarrollada por Intel.
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METIS |
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METIS es un conjunto de programas para particionar gráficos y mallas de elementos finitos. Los algoritmos implementados es METIS están basados en el método multilevel recursive-bisection, k-way multinivel y constraint multi-constraint partitioning.
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MPFR |
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MPFR es una librería C para precisión múltiple en coma flotante.
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Ncview |
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Ncview es un navegador visual para los archivos de netCDF. Permite ver animaciones a partir de los datos, representar en varias dimensiones, visualizar los valores actuales de los datos, …
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Ns |
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Ns es un simulador de eventos discretos para la investigación de redes. Ns proporciona soporte para simulación de TCP, routing y protocolos multicast.
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NWChem |
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NWChem aims to provide its users with computational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems efficiently, and in their use of available parallel computing resources from high-performance parallel supercomputers to conventional workstation clusters.
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Platform MPI |
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Platform MPI es una implementación de MPI desarrollada por HP y comprado por Platform al principios de 2010.
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PROJ4 |
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Librería de proyección cartográfica.
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Sage |
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SAGE es un sistema algebraico computacional (en inglés CAS) escrito en Python y en una versión modificada de Pyrex (llamada inicialmente SageX y posteriormente Cython). Reúne y unifica bajo un solo entorno, lenguaje y jerarquía de objetos toda una colección de software matemático y trata de rellenar los huecos de funcionalidad dejados por unos y otros.
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SUMO |
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Simulation of Urban MObility (SUMO) es un simulador de tráfico open source altamente portable.
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V-ray |
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Herramienta de rederizado
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xerces |
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Xerces-C++ es un parser XML escrito en C++. Xerces-C++ facilita a las aplicaciones la capacidad de leer y escribir datos XML
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